Przyjęło się, że miejscem narodzin tego orzeźwiającego drinka na bazie rumu jest Havana na Kubie. Tamtejszy bar La Bodeguita del medio twierdzi, że to w jego murach powstało pierwsze mojito. Szczyci się nawet tym, że sam Ernest Hemmingway chwalił sobie ich wersję tego trunku. Jednak podobnie jak w przypadku innych sławnych koktajli dokładne pochodzenie jest nieznane.

Jedną z najstarszych legend o powstaniu mojito sięga aż 1500 roku, gdy Sir Francis Drake chciał obrabić Havanę z jej bogactw. Jego wyprawa co prawda się nie powiodła, ale wynikło z niej coś dobrego dla nas wszystkich. Po męczącej podróży statkiem wielu jego kompanów cierpiało na szkorbut i czerwonkę. Południowoamerykańscy Indianie będący znani ze swych mikstur leczniczych wyruszyli z częścią załogi na poszukiwanie składników niezbędnych do stworzenia leku. Tak powstało połączenie aguarediente de cana, liści mięty, soku z trzciny cukrowej i limonki. Obecnie wiemy, że jedynym dobroczynnym składnikiem był sok z limonki, ale inne składniki z pewnością uczyniły ten lek łatwiejszy do przełknięcia. Tak, od nazwiska kapitana statku powstał koktajl nazywany „El Draque”, którego skład bardzo przypominał jeden z najpopularniejszych obecnie drinków jakim jest mojito.